大同元年（８０６）中国より帰朝された弘法大師が北嵯峨 現在の後宇多天皇御陵地内
岩屋の中に不動明王を感得され石に刻んできゅうりふうじの秘法を残された。
天喜５年（１０５７）藤原康基は此の不動尊を奉祀すると共に弥陀・観音等の諸像を安置し、
周防国鷲頭の庄を寺領として付し蓮華寺を建立した。
徳治年中（１３０６〜１３０８）後宇多天皇は東寺・高野山に匹敵する構想を以て
当山を中興し蓮華峰寺と改め給い 自ら住職となり理趣経の根本道場と定められたが応仁の兵火（１４６７）
にあい荒廃の余儀なき歳月を送った。
寛永１８年（１６４１）樋口平太夫家次翁は、仁和寺宮覚深法親王（後水尾天皇皇兄）の御庇護により
後宇多天皇の五智輪円の遺風を顕彰して鳴滝音戸山に五智如来等の石仏群像を造立 伽藍・堂宇を
再興して、五智山蓮華寺と称した。
その後乗円・曇寂の碩徳大学者を輩出し、法流の御家元御室御所院家となり、我が国に於ける
法皇たる総法務ノ宮（仁和寺ノ宮）の御指南役をつとめると共に六十六部の総本山として、広く
天下の尊崇を聚めた。
昭和３年（１９２８）中興第１８世大僧正慈海上人に依って堂宇伽藍は現在地に遷され昭和３３年（１９５８）
檀家総代川本直水氏によって山上に取り残されて損傷甚しかった五智如来等の石仏群が台石と共に原形のまま
現境内に遷された。
現在真言宗御室派別格本山・近畿三十六不動尊第十五番霊場となっている。
維時 昭和５７年６月２６日
蓮華寺中興第十九世 桑田善照
